گروه مبارزه با بیاریها واحدی است که وظیفه مدیریت مراقبت بیماریها را در منطقه تحت پوشش دانشگاه گناباد بر عهده دارد . که شامل دو قسمت مبارزه با بیماریهای واگیر و مبارزه با بیماریهای غیرواگیر می باشد .
بیماریهای واگیردار :
1-    واکسیناسیون بر علیه بیماریهای قابل پیشگیری با واکسن نظیر دیفتری ، سیاه سرفه ، ..... جهت گروههای هدف
2-    واکسیناسیون مننژیت و توأم جهت مشمولین قبل از اعزام به خدمت سربازی و هپاتیت B برای  گروههای هدف
3-    طرح ریشه کنی فلج اطفال
4-    طرح حذف بیماریهای سرخک و کزاز نوزادی
5-    برنامه مراقبت سندرم سرخجه مادرزادی
6-    برنامه مراقبت بیماری مننژیت
7-    برنامه مراقبت بیماریهای منتقله از آب و غذا
8-    برنامه مراقبت بیماری آنفلوانزا ( آنفلوانزای انسانی ، پرندگان و ...)
9-    برنامه ثبت عفونتهای بیمارستانی
10-    برنامه مراقبت بیماریهای زئونوز
11-    برنامه مراقبت HIV/AIDS
12-    برنامه مراقبت هپاتیت B
13-    برنامه مراقبت مالاریا
14-    برنامه  ثبت عوارض واکسیناسیون
بیماریهای غیر واگیر
1-    برنامه ثبت سرطان
2-    برنامه غربالگری نوزادان 5-3 روزه جهت کم کاری مادرزادی تیروئید
3-    برنامه مراقبت فشار خون
4-    برنامه مراقبت و غربالگری دیابت در جمعیت بالای 30 سال روستایی
5-    برنامه مراقبت تالاسمی  و بیماریهای ژنتیکی
6-    ثبت سوانح و حوادث
7-    اجرای برنامه کمیته جامعه ایمن